Kalatalousalue haki vuonna 2021 poikkeuslupaa merimetsojen ampumiseen keväällä ahvenen poikastuotannon turvaamiseksi ja merimetsojen paikallisen pesimäkannan vähentämiseksi. Hakemuksessa tarkoitetut kahdeksan kartalla osoitettua ampumisaluetta olivat ahvenen tärkeitä lisääntymispaikkoja.
ELY-keskus myönsi kalatalousalueelle heinäkuussa 2022 luvan ampua merimetsoja elokuun alusta vuoden loppuun. Lupa oli voimassa kolme vuotta. Lupa oli myönnetty laajalle merialueelle Suomen suurimman merimetsoyhdyskunnan ympäristössä. Lupaehtojen mukaan vuosittain sai ampua 1 000 merimetsoa. Jotta merimetsojen aiheuttamia kalastovahinkoja saataisiin torjuttua, toimenpiteisiin voitiin ryhtyä ennen kuin päätös oli saavuttanut lainvoiman.
Kaksi yhdistystä valitti Turun hallinto-oikeuteen, joka hylkäsi valituksen. Korkein hallinto-oikeus antoi muutoksenhakijoille valitusluvan ja tutki asian.
Koska kalatalousalueelle myönnetty poikkeuslupa poikkesi sallitun ajankohdan ja alueiden osalta kalatalousalueen hakemuksesta, päätyi korkein hallinto-oikeus 6.2.2025 julkaisemassaan ennakkopäätöksessä (KHO:2025:16) siihen, ettei Eurajoki-Lapinjoen kalatalousalueelle myönnetty poikkeuslupa merimetsojen ampumiseen ole ollut lainmukainen. Poikkeuslupaa varten myönnetty määräaika on jo päättynyt.
Korkein hallinto-oikeus arvioi antamassaan päätöksessä, että poikkeusluvan mukaisen yksilömäärän ampuminen ei huonontanut merimetson suojelutilannetta ja lisäksi olevan mahdollista, että suuret merimetsoyhdyskunnat vaikuttivat niiden läheisyydessä oleviin kalakantoihin kalastuselinkeinon tulosta heikentävällä tavalla.
Kalatalousalueen oman arvion mukaan lupaehtojen mukaisena aikana ja alueilla ei ole mahdollista ampua niin paljon lintuja, että sillä olisi tavoiteltu vaikutus kannan kokoon. Esimerkiksi vuonna 2024 saatiin ammuttua 229 yksilöä, sillä suurin osa linnuista oli jo lähtenyt alueelta elokuussa. Luonnonvarakeskuksen mukaan merimetsojen määräksi Rauman edustan koloniassa kesän 2024 lopussa on arvioitu noin 37 000 yksilöä. Vuonna 2022 määräksi arvioitiin noin 22 800 yksilöä.
Kalatalousalue on valmistellut uutta poikkeuslupahakemusta. Mikäli lintuja vähennetään ampumalla, tulisi sen tapahtua keväällä alkuperäisen hakemuksen mukaisesti. Korkeimman hallinto-oikeuden hankkimassa Luonnonvarakeskuksen asiantuntijalausunnossa oli myös tuotu esiin muita, mahdollisesti ampumista tehokkaampia keinoja merimetsoyhdyskunnan kalakannoille aiheuttamien vahinkojen estämiseksi tai vähentämiseksi. Kalatalousalue käy poikkeuslupahakemuksen valmisteluvaiheessa keskustelua viranomaisten ja tutkijoiden kanssa ja tarkastelee ampumisen lisäksi myös muita keinoja ongelman ratkaisemiseksi.